CIR : que faire quand l'administration dit non

Environ 20 000 entreprises ont déclaré un Crédit d'Impôt Recherche (CIR) au titre de l'année de 2017. Pour autant, son obtention n'est pas automatique et il n'est pas rare que l'Administration tente de remettre en cause l'éligibilité des dépenses retenues.

Dans le cas général (la procédure étant différente pour les PME qui ne payent pas d'impôts et qui réclament la restitution immédiate de leur CIR, comme c'est souvent le cas des jeunes entreprises innovantes, voir ci-dessous), une remise en cause du CIR ne peut se faire qu'à l'occasion d'un contrôle fiscal en bonne et due forme, qui portera sur la comptabilité générale ou exclusivement sur le CIR.

Un inspecteur de l'Administration fiscale se déplace, vérifie les éléments justificatifs et peut, s'il le souhaite, mandater un expert du Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (MESRI) pour l'épauler. L'Administration peut procéder à un redressement du CIR au cours des 3 années qui suivent l'année de sa déclaration.

Si, au terme de ce contrôle, le CIR est rejeté - partiellement ou en totalité - l'entreprise entre alors en phase précontentieuse avec l'Administration.

Etape 1 : Échanges écrits avec l'Administration fiscale

L'Administration fiscale émet une proposition de rectification dans laquelle elle détaille ses motifs de redressement - fiscale, comptable ou scientifique - liés à l'éligibilité-même des projets valorisés au titre du CIR. L'entreprise doit répondre par écrit via une " observation du contribuable " sous 30 jours (prolongeables à 60).

L'Administration fiscale y répond dans le mois par un courrier dit de " Réponse aux Observations du Contribuable ", ou ROC. L'entreprise peut alors solliciter la saisine du Comité Consultatif prévu pour permettre un débat oral et contradictoire avec l'Administration sur la réalité de l'affectation de leurs dépenses à la R&D.

Etape 2 : Les recours hiérarchiques

Si l'Administration maintient sa position, l'entreprise peut successivement solliciter un recours auprès du chef de brigade, puis auprès de l'Interlocuteur départemental des Finances Publiques si le désaccord persiste, pour faire valoir le bien-fondé de son CIR.

Soit les motifs de contestation sont d'ordres techniques, et l'entreprise peut alors réclamer une nouvelle expertise scientifique auprès d'un nouvel expert du MESRI, soit les motifs du vérificateur sont d'ordre fiscal et, dans ce cas, les débats pourront s'engager directement lors du rendez-vous, entre les représentant de l'Administration fiscale et l'avocat fiscaliste spécialisé chargé de défendre l'entreprise.

La réponse de l'Administration intervient alors généralement dans les 15 jours qui suivent chacune des rencontres.

Etape 3 : La réclamation contentieuse

Si le redressement fiscal est maintenu, au moins partiellement, l'Administration fiscale adresse à l'entreprise un " avis de mise en recouvrement ". Si cette dernière a déjà perçu son CIR, elle devra régler dès ce moment là ce que lui réclame l'Administration ou lui apporter des garanties équivalentes - et ce, même si elle souhaite poursuivre ses recours en vue de la validation in fine de son CIR. Cette étape doit donc être anticipée avec précaution.

Après quoi l'entreprise dispose de deux ans pour déposer une réclamation contentieuse, préalable indispensable à toute saisine du Tribunal Administratif. Pour cela, elle doit contrer l'ensemble des éléments à la fois juridiques, fiscaux, comptables ou scientifiques soulevés par l'Administration et apporter les contre-arguments pertinents nécessaires pour obtenir gain de cause.

L'échange avec le Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation n'ayant été, jusqu'à cette étape, que écrit, il n'a donc pas permis ce que la jurisprudence appelle " un débat oral et contradictoire ". Ce simple vice de procédure, s'il est avéré, est suffisant à lui seul pour justifier une action de l'entreprise devant le Tribunal Administratif.

En cas de nouveau rejet de la réclamation, l'entreprise dispose alors de 2 mois pour saisir le Tribunal Administratif.

Etape 4 : Tribunal Administratif et Cour Administrative d'Appel

Il est relativement rare d'en arriver là et la plupart des entreprises auront obtenu gain de cause au fil des recours précédents. La saisine du Tribunal Administratif, voire dans un second temps, de la Cour Administrative d'Appel, représente l'occasion pour une entreprise de défendre le bien-fondé de sa déclaration de CIR devant des magistrats indépendants, et non plus devant des fonctionnaires de Bercy qui sont, par définition, " de l'autre côté de la barrière ".

Cas particulier des entreprises qui demandent le remboursement de leur CIR

C'est le cas des entreprises qui ne payent pas d'impôts et qui entrent dans l'une des catégories suivantes : entreprises nouvelles ; jeunes entreprises innovantes (JEI) ; entreprises faisant l'objet d'une procédure de conciliation ou de sauvegarde, de redressement judiciaire ou de liquidation ; PME au sens communautaire.

L'Administration dispose de 6 mois, à partir du dépôt de la déclaration fiscale, pour traiter la demande de remboursement immédiat du CIR. Dans la quasi-totalité des cas, elle émet une " demande d'informations ", qui consiste à réclamer à l'entreprise la totalité des pièces justificatives de son CIR dont, en particulier, le dossier scientifique ou technique justificatif.

L'Administration peut alors verser le CIR (qui ne s'en trouve pas pour autant validé), ou refuser le versement, en partie ou en totalité. Elle devra impérativement motiver son refus. L'entreprise, qui aura pris soin de fournir les éléments techniques complémentaires réclamés, pourra, si le refus persiste, déposer autant de demandes de remboursement qu'elle le souhaite au cours des 2 ans qui suivent la remise de la déclaration initiale de CIR.

Le dialogue avec l'Administration se passe uniquement par écrit. Au bout des deux ans, si l'entreprise n'est toujours pas satisfaite, elle pourra saisir le Tribunal Administratif.